1. HLA B51
HLA B51 geni Behçet xəstəliyinin diaqnostikası üçünistifadə olunur. Behçet xəstəliyi ağız, cinsi orqanlar, dəri, gözlərdəki qan damarlarının iltihablaşmasıyla özünü biruzə verən xəstəlikdir. Xəstəlik ən çox 30-40 yaşı olan insanlarda rast gəlinir. Xəstələrin 75-%-ində ağız boşluğunda olduğu kimi genital bölgədə də yaralara rast gəlinir. Xəstələrin 50%-indən çoxunda isə gözdə əmələ gələn iltihabi yaralar nəticəsində görmədə pozğunluq baş verir. Əgər bu vəziyətə müdaxilə edilməzsə xəstədə korluğa gətirib çıxarar. Xəstələrin çox az bir qismində beyin, mədə-bağırsaq yolları və mərkəzi sinir sistemində ağırlaşmalar olur. Mərkəzi sinir sistemindəki ağırlaşmalar baş ağrısı, şəxsiyyət pozğunluqları, danışıq qabiliyətinin pozulması, yaddaş itkisi, balans və hərəkət qabiliyəti ilə bağlı çətinliyə səbəb olur. Mədə-bağırsaq yollarındakı ağırlaşmalar isə bağırsaq divarında yırtığa və nəticə etibarıyla xəstədə ciddi infeksiyalara səbəb olur. Xəstəliklə əlaqəli sadalanan sağlamlıq problemləri yaş artdıqca daha da şiddətlənir.
2. HLA B27
HLA B27 geni Ankilozaşdırıcı spondilit xəstəliyinin diaqnostikasında istifadə olunur. Ankilozaşdırıcı spondilit xroniki oynaq iltihablaşması olaraq bilinən bir və ya daha çox onurğa sümüyünün iltihabi vəziyətidir. Xəstəlik ilkin olaraq onurğada özünü göstərir. Zədələnən sümük bölgələri zaman keçdikcə birləşməyə başlayır bu isə onurğanın hərəkətliliyinin tamamilə itməsi ilə nəticələnir. Xəstəlik irəlilədikcə döş qəfəsinin hərəkəti və xəstənin dərindən nəfəs alması çətinləşir. Xəstələrin 40%-ində gözdə iltihablaşma və bunun nəticəsində də göz ağrısı və fotofobiya (gözlərin işığa yüksək dərəcədə həssas olması) rast gəlinir.
3. HLA DRB1
HLA DRB1 geni Revmatoid artritin diaqnostikası üçün istifadə olunur. Revmatoid artrit oynaqların xroniki və vaxtaşırı kəskinləşməyə meyilli olan, iltihab ilə təzahür edən autoimmun xəstəlikdir. Şiddətli dərəcədə oynaq xəsarəti xəstənin hərəkət qabiliyətinin çətinləşməsinə səbəb olur. Oynaqların zədələnməsi xəstədə simmetrik şəkildə təzahür edir, yəni, iltihablanma əllərdədirsə hər iki əldə birdən olur. Zaman keçdikçə xəstədə çəki və enerji itkisi olur.